CT的工作程序涉及以下几个关键步骤：首先，根据人体不同组织对X线的吸收和透过率的不同，使用高灵敏度仪器对人体进行测量。测量所获取的数据随后被输入到电子计算机中进行处理，终生成人体被检查部位的断面或立体图像，从而能够发现体内检测部位的细小病变。
计算机系统
计算机系统是CT设备的“大脑”，负责处理由扫描部分收集到的数据。计算机系统的主要功能包括：
数据存储：将探测器收集到的电信号转换为数字数据，并存储在计算机系统中。
数据处理：利用复杂的算法对收集到的数据进行分析和计算，以重建出人体的横断面图像。
图像重建：计算机系统能够快速运算，实现图像的即时重建，这对于临床诊断具有重要意义。
图像显示与存储系统
图像显示和存储系统负责将计算机处理后的图像以直观的方式展现出来，并进行存储：
图像显示：处理后的图像可以在监视器上显示，供医生进行诊断分析。
图像存储：图像数据可以被存储在各种媒介上，如传统的胶片、数字磁盘或云存储系统中，以便于未来的参考和研究。
脱落细胞学检查常用的有阴道分泌物涂片检查子宫颈癌，痰涂片检查肺癌，胸、腹水离心后作涂片检查胸腔或腹腔的原发或转移癌和尿液离心后涂片检查泌尿道肿瘤等。我国医务工作者研制成食管细胞采取器（食管拉网法）检查食管癌及贲门癌（阳性确诊率为87.3%～94.2%）。还用鼻咽乳胶球细胞涂片、负压吸引细胞法及泡沫塑料海绵涂片法等采取鼻咽分泌物检查鼻咽癌，提高了阳性诊断率（阳性率为88%～92%）。用胃加压冲洗法采取胃内容物检查胃癌，也使阳性诊断率有了显著的提高。