1、法律方面的一些缺失
电子票据的发展虽是必然趋势，也有许多优势，但是，目前我国电子票据的使用仍然存在诸如在《票据法》中存在一定的缺失，因此，我们要从确立电子票据法律地位、建立电子票据登记机构、完善电子票据制度、将电子票据纳入《票据法》“书面形式”、建立统一的电子票据平台，实现票据的电子化注册和集中、引入“支付命令”、健全电子化权利转让制度等方面加以防范，以使电子票据更好地为经济发展服务。
2、电子票据的接受度不是特别高
很多企业的管理人员、财务人员，对于电子票据的认可度还是比较有限，适用的范围也不是很广，因此电子票据的流动性会受到一定影响。有部分地区的企业对电子票据、电子汇票等不太放心，这影响到电子票据的流通效率和交易效率。
3、出现追索难的问题
票据追索权纠纷一般来说也会具有案件爆发频繁、法律关系复杂、“技术”含量较高的特点，这就需要专业的风控和法务团队来为此保驾护航。例如早票网平台，有着专业风控与法务团队，诉讼追索成功率可达。
4、IT风险
对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体问题的共性。当然，在早票网，强大的技术团队让你免除这些后顾之忧。
5、道德风险
在近期一些电子票据案中，就暴露了银行内部人员在审核上不严格执行的道德风险问题。
曾有报道称，有银行离职员工冒充工商银行廊坊分行工作人员身份，伪造该银行相关资料及印鉴，在工商银行廊坊分行用假公章开设了河南焦作中旅银行的同业户，而廊坊分行工作人员由于没有严查法人是否签字，就开设了同业户，并以工行的电票接入系统开出了数十亿的电子票据。
目前，电子票据系统的整个管理程序，在防范上，都显得过于“粗心”，对道德风险的防范也不足，因此这也是电子票据的使用过程中的道德风险问题。
虽说上面的5大黑洞（风险）的存在，但电子票据这种形式在当前环境下还是适合中小企业快速发展，也是一种便捷有效的融资渠道，对于票据市场的运转，总是有个完善的过程，故在使用过程中，建议还是先要多加注意，防患于未然。
当然，近几年在央行发布224号文推行电票的背景下，随着票交所的上线，电票的交易主体地位被确定，票交所对纸质票据电子化的安排以及电票的配合推广，电票已成为商业银行发展票据业务的必然趋势。
从商业承兑汇票业务来看，央行鼓励企业使用电子商业承兑汇票，同时票交所的建立使得企业信用评估体系更加完善，市场信息更加透明化，利率报价公开，银票业务利差收窄，开展商业承兑汇票业务进行票据业务转型，实现票据业务盈利的新渠道已成为全国众多银行密切关注的方向。如何提升行内商票操作技能优化流程、如何把控商票业务开展的风险、如何快速实现商业承兑汇票业务推广抢占商业承兑汇票市场，成为商业银行发展商业承兑汇票业务亟需解决的难题。